Il s'agit d'une cavité formée sous la peau possiblement présent dès la naissance.
Elle est secondaire à l'accumulation de poils pénétrant par de petites fossettes au niveau du sillon interfessier.
Ce kyste peut s'infecter pour faire un abcès (infection). C'est le plus souvent le mode de découverte du kyste pilonidal.
Le traitement d'urgence de l'abcès est l'incision suivie de soins quotidiens (méchage); rarement, on peut retirer le kyste dans le même temps. Il faut donc réopérer quelques mois plus tard soit par la technique conventionelle soit par laser.